No mas forastero: a new protocol for meaningful cacao germplasm classification

Le titre de cet article (" Plus d'étranger ") peut apparaître discriminatoire et c'est bien en fait son intention. Dans cette contribution, nous essayons de convaincre la communauté scientifique du cacao de ne pas utiliser le terme Forastero (" étranger ") pour identifier un matériel génétique du cacao qui n'est pas d'origine Criollo. Le terme Forastero est apparu en Amérique latine pour différencier le cacao introduit des sélections cultivées localement. Il n'y a donc aucune signification scientifique à ce terme qui a été largement utilisé pour identifier le matériel génétique du cacao. Le cacao, malgré son importance économique et les nombreuses études de diversité génétique qui ont été publiées au cours des 20 dernières années, n'a jamais bénéficié d'aucune étude analysant un échantillon suffisamment large, avec un grand nombre de marqueurs, pour identifier la structure de sa diversité génétique au-delà de la traditionnelle distinction entre Criollo et Forastero. Même si la classification traditionnelle est devenue plus précise récemment avec la distinction entre Upper et Lower Amazon Forastero, et l'identification des sous-groupes Guiana, Nacional et Amelonado, ces termes sont loin de décrire la diversité génétique existante à l'intérieur de ce qu'on a appelé le Forastero. En 2008, nous avons publié un article intitulé " Geographic and Genetic Population Differentiation of the Amazonian Chocolate Tree (Theobroma cacao L) " qui décrivait la structure de la diversité génétique du cacaoyer à l'aide d'une approche statistique bayesienne, identifiait dix groupes génétiques ou clusters, et les proposait pour la nouvelle classification du matériel génétique du cacaoyer à la place de celle qui a été mentionnée plus haut. Dans cette contribution, nous présentons un protocole pour identifier l'origine génétique de tout échantillon pertinent sur la base des 10 clusters génétiques mentionnés comme groupes génétiques de référence. À l'aide de la base de données librement accessible qui a été produite (http://www.ars.usda.gov/Research/docs.htm?docid=16432), qui contient plus de 200 000 points de données caractérisant plus de 1 000 accessions de matériel génétique, un nouveau protocole d'identification génotypique est décrit. En utilisant les données et en suivant la procédure de ce protocole, il est possible d'identifier le degré de parenté de tout échantillon en référence aux 10 groupes génétiques du cacaoyer nouvellement identifiés dans tout laboratoire capable d'analyser l'empreinte génétique de l'ADN du cacaoyer à l'aide de microsatellites.

Bibliographic Details

Main Authors:	Motamayor, Juan Carlos, Lachenaud, Philippe, Da Silva e Mota, Jay Wallace, Loor, Rey Gaston, Martinez, Windson J., Graham, James, Kuhn, David N., Brown, Steven, Schnell, Raymond J.
Format:	conference_item biblioteca
Language:	eng
Published:	Cocoa Producers' Alliance
Subjects:	F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie, Theobroma cacao, terminologie, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7713, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24907,
Online Access:	http://agritrop.cirad.fr/560465/ http://agritrop.cirad.fr/560465/1/document_560465.pdf
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