Contribution à la recherche d'une résistance durable du caféier (Coffea spp.) à la rouille orangée (Hemileia vastatrix Berk. et Br.) : étude de la variabilité génétique du pathogène
L'approfondissement des connaissances relatives aux relations entre Cojfea spp. et Hemileia vastatrix au moyen de l'étude de la virulence, de l'agressivité et de la variabilité au niveau de fragments d'ADN d'un groupe de 11 isolats du champignon provenant d'Afrique, de Madagascar et d'Indonésie, collectés sur C. canephora, sur C. arabica, et sur des dérivés de l'Hybride de Timor (Catimor), a été entrepris. La mise au point d'une série de techniques d'étude a été réalisée. Comme méthode d'inoculation les meilleurs résultats ont été obtenus en pulvérisant une suspension d'urédospores sur disques de feuilles, en comparaison avec l'inoculation par gouttes sur feuille entière. Le lavage des spores à l'eau distillée améliore la germination, tandis que le stockage en azote liquide a été affecté par la teneur en humidité des spores. La mise au point des conditions pour l'extraction et l'amplification de l'ADN en utilisant la méthodologie PCR a été faite. L'analyse de la virulence des isolats collectés a permis d'observer tune gamme de réactions différentielles sur six clones de C. canephora. Ces clones pourraient constituer de nouveaux différentiels pour ces isolats. Deux clones de Congusta (C. congensis x C. canephora) ont montré des facteurs de résistance différents de ceux rencontrés sur C. canephora et sur C. arabica. Les deux isolats provenant d'Indonésie et récoltés sur Catimor, ont montré le spectre de virulence le plus large, attaquant quelques plantes issues de l'Hybride de Timor, de Catimor et plusieurs différentiels de C. arabica.Les isolats d'Indonésie ont manifesté une agressivité plus grande que la race II et que les isolats provenant d'Afrique. Ceci indique que, contrairement à ce qui avait été constaté auparavant pour d'autres races d'H. vastatrix, l'accumulation des gènes de virulence dans un même génotype ne semble pas toujours réduire son agressivité. On a trouvé un effet de la température sur la germination des spores des isolats indiquant une adaptation écologique différentielle de ceux-ci. Toutefois, la variabilité trouvée aux plans de la virulence, de l'agressivité et de l'adaptation écologique de ce groupe d'isolats, ne se retrouve pas au niveau des fragments d'ADN génomique dont on avait pensé qu'ils devaient permettre une distinction des races du pathogène. Une étude limitée a été menée sur la transmission de la résistance incomplète de quelques génotypes d'Ethiopie de C. arabica. Bien que la résistance trouvée dans la descendance semble être monogénique, quelques plants ségrégants présentent des caractéristiques de résistance incomplète qui méritent d'être exploitées. L'importance des résultats pour la distinction de nouveaux différentiels de Cofffea spp. sont discutés, ainsi que la qualification de génotypes comme "résistants" ou "sensibles" sur la base de l'absence de sporulation et de la production d'urédospores.