O uso da variância como metodologia alternativa para integração de mapas genéticos
O objetivo deste trabalho foi desenvolver um processo de integração de mapas genéticos, com o uso do inverso da variância, e testar sua eficiência. Foram utilizadas populações simuladas F2 codominante e de retrocruzamento, com tamanhos populacionais de 100, 150, 200 e 400 indivíduos, tendo-se considerado uma espécie diploide fictícia com 2n = 2x = 2 cromossomos, com o comprimento total do genoma por grupo de ligação estipulado em 100 cM, 21 marcas por grupo de ligação e marcadores equidistantes em 5 cM. Os genomas foram comparados quanto ao tamanho do grupo de ligação, variância das distâncias entre marcas adjacentes, correlação de Spearman e quanto ao estresse relativo à adequação das distâncias estimadas. Cada genoma simulado foi fragmentado em quatro novos mapas: três com oito marcadores e um com nove marcadores, cada qual com quatro marcadores âncoras. Os mapas foram alinhados, ordenados, integrados e, em seguida, comparados ao mapa de origem. O processo de integração de mapas proposto mostrou-se eficiente. Os mapas gerados tiveram pequena tensão interna em comparação aos mapas dos quais se originaram. A integração de mapas depende do tipo de população utilizada, tamanho da população, tipo de marcador, da frequência de recombinação e da fase de ligação.
Main Authors: | Salgado,Caio Césio, Cruz,Cosme Damião, Nascimento,Moysés, Barrera,Carlos Felipe Sanches |
---|---|
Format: | Digital revista |
Language: | Portuguese |
Published: |
Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento
2011
|
Online Access: | http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000100009 |
Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
Similar Items
-
Alteração no método centroide de avaliação da adaptabilidade genotípica
by: Nascimento,Moysés, et al.
Published: (2009) -
Artificial neural networks for adaptability and stability evaluation in alfalfa genotypes
by: Nascimento,Moysés, et al.
Published: (2013) -
ANÁLISE DE EXPERIMENTOS EM LÁTICE QUADRADO COM ÊNFASE EM COMPONENTES DE VARIÂNCIA: II. ANÁLISE CONJUNTA
by: REGAZZI,ADAIR JOSÉ, et al.
Published: (1999) -
Componentes de variância e predição de valores genéticos em seringueira pela metodologia de modelos mistos (REML/BLUP).
by: KALIL FILHO, A. N., et al.
Published: (2004-10-20) -
Componentes de variância e predição de valores genéticos em seringueira pela metodologia de modelos mistos (REML/BLUP)
by: KALIL FILHO,ANTONIO NASCIM, et al.
Published: (2000)